染色质免疫沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation ，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-seq 技术，可以在全基因组范围内对蛋白质结合DNA位点进行高效而准确的筛选与鉴定，广泛应用于组蛋白修饰、转录因子调控等相关领域的研究。通过五个步骤获得理想的ChIP-seq结果。

      2. 免疫沉淀 捕获并分离蛋白-DNA复物。

         抗体的选择是ChIP-seq实验成功的关键因素。 优先选择ChIP/ChIP-seq级别的抗体。在某些情况下，您的靶标可能尚未经过 ChIP 实验验证。如果抗体经过免疫沉淀 (IP) 验证，则极有可能适用于 ChIP。 其他要求抗体识别天然状态抗原的方法也可以作为参考，例如免疫荧光 (IF)，免疫细胞化学 (ICC) 和免疫组织化学 (IHC)。如果针对某些靶标没有可用的抗体，则可以在样品中表达融合亲和标签（HA,Myc,His等）的靶标蛋白，然后使用针对亲和标签的抗体进行免疫沉淀。使用磁珠结合抗体获得抗体-蛋白质-DNA复合物，充分洗涤磁珠-抗体-蛋白质-DNA复合物，纯化并洗脱蛋白质-DNA复合物。  

         免疫沉淀注意事项：

•           (1) 并非所有抗体都适用于 ChIP，选择已经验证过的 ChIP 或ChIP-seq 的抗体。

•         （2) 使用经过应用验证的抗体， IHC 、ICC、IF、 IP是证明抗体是否适合 ChIP 的合理良好佐证。

•           (3) 抗体浓度做梯度测试，实现最佳的信噪比。

•           (4) 洗涤液成分和浓度可能影响蛋白结合、信噪比和背景。

•         （5）可使用抗体同型对照IgG抗体，以便区分 ChIP 信号和背景。

          如果您想了解目标蛋白在整个基因组中的结合位点，那么需要进行NGS建库测序。细胞核内染色质交叠、凝聚，可能会覆盖住大量目标结合位点，导致ChIP富集到的组蛋白结合DNA总量都在ng级别，转录因子往往更少，极大的影响了ChIP-seq建库成功率。根据您ChIP 实验获得的DNA总量可选择相关的建库试剂盒，提高建库成功率。

•       （1）接头连接后的产物可以用DNA磁珠进行一次纯化，也可以进行两次磁珠纯化筛选一定范围内的DNA片段。

•       （2）PCR产物出现接头二聚体，可以使用1X磁珠进行两次纯化。

•       （3）单链建库DNA浓度很低时，可以扩大预变性反应体积。

•       （4）文库可以使用Qubit定量，微流控制片段分析仪（Qseq或2100）检测DNA片段大小。